茄科包括90个属，它主要分为两个亚科，即亚茄科和亚香树亚科。
这是以主要亚科之间不同胚胎发育类型而分的。属于茄亚科的属，胚胎卷曲，直径大小基本一样。属于亚香树亚科者，典型的胚胎是直的或者弯曲。还有与此有关的大量形态学、化学和细胞遗传上的区别。
茄亚科在细胞遗传上有很大的一致性，所有的成员染色体数目都是X=12,而夜香树亚科在染色体树木上变异较大，很少是X=12的，茄亚科番茄属的所有的种其染色体组公式都是一样的。
茄亚科属又分为几个族，番茄属是该科中最大的族，茄族包括18个属，从最小的番茄属到其亲缘相近的该科中最大的茄属，茄属大约包括1500多个种，是维管束中变异最大的属，范围广泛而复杂的茄属给分类学家造成麻烦，并改变了番茄属的独立遗传状态。
这两个属的唯一区别主要在花妖形态上，番茄属的种比较典型，番茄属通常有5个花药，有些变种有6个花药，雄蕊连接在一起像圆柱形的烧杯，这是该属的特征。圆锥体的颈部是每个花药不育的顶端延长部分组成，这是历来用以区别反茄属和茄属的主要特征，与此有关的是番茄属的种其花药开裂的方式不同，花药侧列，而茄属的植物花药为顶端开裂，花粉在圆锥形花药内是游离的，并通过长形花药形成的连接点散发出去，利用这个主要特征，就可以画出属于番茄属及其与其有密切关系的种，然而严格应用起来就产生比茄科其他成员更近似反茄属的种的混乱状态，随着这些种在分类上的评价鉴定，该种的状况将进一步仔细讨论并明确指出是属于番茄属。
